Transcriptoma de Solanum goniocalix para la identificación de genes candidatos de resistencia al Tizón tardío

Universidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de Posgrado. Doctorado en Ciencias e Ingeniería BiológicasCon el objetivo de identificar genes candidatos para resistencia a Phytophthora infestans, en papas nativas locales (PNL) de tres poblaciones de Ayacucho (Anco, Chungi y Ticllas), se evaluo la diversidad genetica de 144 PNL. Con 10 marcadores SSR se distinguieron 67 alelos polimorficos, 14 genotipos y 18 alelos unicos. El AMOVA mostro que el 27.92 % de la diversidad alelica esta distribuida entre las poblaciones, y el 72.08 % esta distribuido dentro de las poblaciones, con FST promedio de 0.279. Se encontro alta diversidad intra e inter poblacional, y cada una constituyen poblaciones geneticamente cerradas. Se fenotiparon 20 accesiones de papa nativa expuesta a P. infestans POX-67. Se seleccionaron las accesiones Wira Pasna (CIP 704270) y Sumaq Perqa (CIP 703777) de la especie Solanum goniocalix, como resistente y susceptible, respectivamente. Las dos accesiones seleccionadas fueron inoculadas con P. infestans POX-67, se extrajo ARN de muestras foliares a 0 y 48 hpi. En el transcriptoma (Solanum goniocalix) se cuantifico 40,336 transcritos en las librerias ARNseq, cada libreria con una profundidad promedio de 28.02 millones de lecturas (secuenciamiento Illumina). Las lecturas se alinearon al genoma de referencia con una eficiencia de mapeo de 92.01%. Se reportan 19,666 genes alineados que no distorsionan el modelamiento en todas las repeticiones y al menos en un tratamiento. En la accesion resistente CIP-704270 (Wira Pasna) se identificaron 303 genes relacionados con la resistencia a P. infestans. Considerando la direccion de su expresion diferencial, se contabilizo 136 genes sobre-expresados y 167 genes sub-expresados, relacionados a resistencia en S. goniocalix a P. infestans (Log2FC . 2 y FDR . 0.001). Del analisis de enriquecimiento GO (Gene Ontology) y de rutas metabolicas KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) se identificaron 20 genes candidatos relacionados a resistencia contra P. infestans POX-67 a 48 hpi.With the aim of identifying resistance genes candidates against Phytophthora infestans, in native potatoes landrace (NPL) of three populations of Ayacucho (Anco, Chungi and Ticllas). The genetic diversity of 144 NPL was evaluated. A total 10 SSR markers were screened and produced 67 polymorphic alleles, 14 genotypes and 18 unique alleles were distinguished. The AMOVA test showed that 27.92% of allelic diversity was distributed among populations, and 72.08% within populations, with an average FST of 0.279. High intra and inter populational diversity was found, and each constitute genetically closed populations. Twenty native potato accessions were phenotyped after being exposed to P. infestans POX-67. Accessions Wira Pasna (CIP 704270) and Sumaq Perqa (CIP 703777) of the Solanum goniocalix species were selected as resistant and susceptible samples, respectively. The two selected accessions were inoculated with P. infestans POX-67. RNA was extracted from samples at 0 and 48 hpi. In the transcriptome (Solanum goniocalix), 40,336 transcripts within the RNAseq libraries, each library with an average depth of 28.02 million readings (Illumina sequencing). Reads were aligned at reference genome with a mapping efficiency of 92.01%. In total 19,666 aligned genes were kept for downstream analysis that had more than 10 reads per library in at least three biological replicates. In the resistant accession CIP-704270 (Wira Pasna) 303 resistance-related genes to P. infestans were identified. Considering the direction of its differential expression, 136 up-expressed genes and 167 down-expressed genes as resistance S. goniocalix to P. infestans (Log2FC . 2 and FDR . 0.001). From the GO (Gene Ontology) enrichment analysis and KEGG metabolic pathways (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), 20 candidate resistance-related genes against P. infestans POX-67 were identified at 48 hpi

X Encuentro Latinoamericano y del Caribe de Biotecnología Agropecuaria y XI Simposio REDBIO Argentina : Libro de Resúmenes

En REDBIO 2019 de «mayor productividad agrícola con menor huella ambiental» se reconoce que los sistemas agrícolas dependen de la interconexión de muchos elementos y procesos diferentes. El desafío mundial de la seguridad alimentaria es multidimensional, de las cuales sólo algunas son susceptibles de cambio a través de la ciencia y la innovación. La ciencia interactúa necesariamente con los sistemas sociales, económicos y ambientales. Las mejoras en la producción de cultivos alimentarios pueden provenir de la investigación científica, pero para que los cambios en los sistemas de producción se consideren sostenibles, deben tener en cuenta los tres elementos

El cultivo de la alfalfa en la Argentina

“El Cultivo de la Alfalfa en la Argentina” constituye el más completo y actualizado tratado sobre la alfalfa en los países de habla hispana. Está destinado no sólo a profesionales, estudiantes de Agronomía y Veterinaria y productores ganaderos, sino también a toda persona interesada en esta valiosa forrajera. En él se resumen todos los avances científico-tecnológicos conseguidos por el INTA durante la última década. Cerca de cuarenta investigadores vuelcan sus conocimientos y experiencias en el tratamiento exhaustivo de temas tan variados como la morfología; el uso del agua y la radiación; la fijación simbiótica del Nitrógeno; el mejoramiento genético; la biotecnología aplicada al desarrollo de variedades; la selección asistida por marcadores moleculares para la resistencia a enfermedades; la evaluación de cultivares; la siembra directa; el manejo de insectos perjudiciales, enfermedades y malezas; la fertilización y el encalado; el manejo para la producción de carne y leche; la suplementación para la producción de carne; la conservación del forraje; el control del meteorismo; y la producción de semilla. Los diversos aspectos del cultivo son tratados con la adecuada profundidad y el necesario rigor científico, incluyendo revisiones bibliográficas actualizadas y el desarrollo de los fundamentos básicos para la definición de prácticas concretas y de directa aplicación por parte de los productores ganaderos. Todo lo anterior está asistido por una gran cantidad de cuadros, fotos y figuras en color que facilitan la interpretación de la lectura y otorgan a la obra un valor adicional.EEA ManfrediFil: Basigalup, Daniel Horacio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentin

Investigación, producción e industrialización de la alfalfa en Argentina

La presente obra aspira a ser una actualización y una ampliación del libro El cultivo de la alfalfa en la Argentina, publicado también por Ediciones INTA en 2007.EEA ManfrediFil: Basigalup, Daniel Horacio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi. Grupo de Mejoramiento Genético de Alfalfa; Argentin

Microsatélites en Phytophthora spp - exploración in silico - evaluación in vivo

Magíster en MicrobiologíaMaestrí

Caracterización funcional de genes reguladores del proceso de desarrollo, maduración y senescencia del fruto de fresa

“Caracterización funcional de genes de fresa (Fragaria × ananassa) relacionados con la maduración identificados a través de una plataforma de microarrays de oligos hecha a medida” A lo largo del desarrollo de esta Tesis se han estudiado los cambios transcriptómicos que ocurren en el receptáculo del fruto de fresa (Fragaria × ananassa) durante su desarrollo y maduración usando una plataforma de microarrays de oligos. Este análisis permitió seleccionar varios genes de interés biotecnológico potencialmente implicados en el proceso de maduración, jugando papeles significativos en diversos procesos fisiológicos tales como producción hormonal, regulación de compuestos volátiles y tamaño/forma celular que contribuyen en la modulación de las propiedades organolépticas finales del fruto. Uno de los genes seleccionados (FaNCED1) mostraba homología de secuencia significativa con genes de plantas superiores que codifican 9-cis-dioxigenasas de epoxicarotenoides (NCEDs), descritas como enzimas claves en la producción de ácido abscísico (ABA). Estas enzimas han sido descritas como la última enzima que actúa en el interior de los plastidios en la ruta de biosíntesis de ABA, catalizando el corte del precursor C40-xantofilas (9-cis-neoxantina y 9-cis-violaxantina) para producir C25 epoxiapo- aldehido y xantosina que es liberada al citosol donde finalmente da lugar a ABA. Se ha propuesto que en frutos no-climatéricos como fresa, uva y cítricos, ABA juega un importante papel en la regulación de la maduración de los mismos, mucho más que el llevado a cabo por el etileno. En este trabajo, se ha observado una clara correlación entre el incremento de la expresión génica de FaNCED1 y el contenido de ABA a lo largo de la maduración de la fresa. Además, se ha encontrado que la expresión de FaNCED1 está regulada negativamente por las auxinas sintetizadas en los aquenios. Por otro lado, se llevaron a cabo ensayos de actividad enzimática de la proteína recombinante FaNCED1 derivada de la secuencia completa de ADN copia de FaNCED1. La enzima recombinante mostró actividad solamente en presencia de precursores en configuración cis localizados un paso corriente arriba en la ruta de biosíntesis de ABA, permitiendo identificar, al menos, uno de los dos productos de la...“Functional characterization of strawberry (Fragaria × ananassa) ripening-related genes identified throughout a custom-made oligo-based microarray platform” Along the development of this thesis, I have studied the transcriptomic changes that occur in the receptacle of the strawberry fruit (Fragaria × ananassa) during development and ripening using an oligo microarray platform. This analysis allowed selecting several target genes with biotechnological importance potentially involved in the process of fruit ripening, playing significant roles in various physiological processes such as hormone production, regulation of volatile compounds and cell size/shape that contribute to modulate the final organoleptic properties of the fruit. One of the selected genes (FaNCED1) showed significant homology of sequence with genes of higher plants encoding 9-cis-epoxycarotenoid dioxigenases (NCEDs), key enzymes in the production of abscisic acid (ABA). These enzymes are described as the last enzyme that acts into the plastids in the ABA biosynthetic pathway, catalyzing the cleavage of the precursor C40-xanthophylls (9-cis-neoxanthin and 9-cis-violaxanthin) to produce C25 epoxy apo-aldehyde and xanthoxin that is released into the cytosol and finally gives rise to ABA. It has been proposed that, in non-climacteric fruits such as strawberry, grape and citrus; ABA plays an important role in regulating the maturation of the fruit, much more than that undertaken by ethylene. In this work, we have observed a clear correlation between the increase in FaNCED1 gene expression and the increase of ABA content along the strawberry maturation. Furthermore, it has been found that its expression is negatively regulated by auxins synthesized in the achenes. On the other hand, I assessed the enzymatic activity of the recombinant protein FaNCED1 derived from the full-length FaNCED1 cDNA. The recombinant enzyme showed activity only in the presence of precursors in the cis configuration located one step upstream in ABA biosynthesis pathway, allowing identify, at least, one of the two products. Therefore, these results suggest that the FaNCED1 protein is related to the production of ABA..